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鉴定一种新的与 DNA 修复相关的预后标签预测肝细胞癌患者的存活
Authors Li N, Zhao L, Guo C, Liu C, Liu Y
Received 12 February 2019
Accepted for publication 19 July 2019
Published 6 August 2019 Volume 2019:11 Pages 7473—7484
DOI https://doi.org/10.2147/CMAR.S204864
Checked for plagiarism Yes
Review by Single-blind
Peer reviewers approved by Dr Nicola Ludin
Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Dr Teng
目的:肝细胞癌(HCC)是全球第六大致死性肿瘤。传统的生物标志物经常探讨某个基因与癌症进展之间的关系,但它们无法准确预测患者的生存或预后。我们的目的是构建一个新的、与 DNA 修复通路相关的分子标签,该分子标签结合了多个基因,可以显著改善 HCC 的预后预测。
方法:我们从癌症基因组图谱(TCGA)中选择 HCC mRNA 测序(mRNA-seq)数据集(n = 365),并使用基因集富集分析(GSEA)来探索生物信息学信息并进一步筛选富集基因。然后我们基于 Cox 比例风险回归模型建立了一个分子标签。
结果:GSEA 富集分析显示 DNA 修复基因集在肿瘤表型中显着上调。单因素、多因素分析确定 7 个基因,即 ADA ,FEN1 ,POLR2G ,SAC3D1 ,SEC61A1 ,SF3A3 和 UPF3B ,其表达量与总体存活(OS)显着相关,并用他们构建了一个分子标签。计算分子标签的风险评分并将患者划分为高风险和低风险组。结果显示高风险组预后较差(p <0.0001)。单变量和多变量 Cox 回归分析显示,基于临床病理学特征,该风险评分特征的预后表现在不同亚组中是稳健的,p <0.05(HR = 2.38,95% CI= 1.355-4.184),表明它可以作为一个独立的预后指标。
结论:我们构建并鉴定了与 DNA 修复过程相关的七基因的分子标签,可以预测 HCC 的存活。它可以作为一种有效的分类工具,指导临床治疗。
关键词:DNA 修复;肝细胞癌;mRNA;预后;存活