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Authors Liu JH, Li SY, Liang JY, Jiang Y, Wan YC, Zhou SL, Cheng WJ
Received 4 October 2018
Accepted for publication 24 January 2019
Published 25 March 2019 Volume 2019:11 Pages 2379—2392
DOI https://doi.org/10.2147/CMAR.S189784
Checked for plagiarism Yes
Review by Single-blind
Peer reviewers approved by Dr Cristina Weinberg
Peer reviewer comments 3
Editor who approved publication: Dr Kenan Onel
背景:上皮性卵巢癌(EOC)是一种女性恶性肿瘤。近年来生物信息学已被广泛用于分析与癌症进展相关的基因。针对特定生物因素的靶向治疗变得更有价值。
材料和方法:从 GEO 下载 GSE18520 和 GSE27651 的基因表达谱。我们使用 “limma” 包筛选 EOC 和正常卵巢组织样本之间的 DEG,然后使用 clusterprofiler 进行功能和通路富集分析。我们利用搜索工具检索相互作用基因数据库(STRING)来评估蛋白质 - 蛋白质相互作用(PPI)信息,使用插件 MCODE 筛选 Cytoscape 中 PPI 网络的中心模块,然后对核心模块中的基因进行功能分析。接下来,我们利用 “WGCNA” 包建立共表达网络。使用数据库和 GEPIA 对关键基因进行验证。最后,我们使用 qRT-PCR 验证临床组织样本中的 hub 基因表达。
结果:我们分析了 DEG(96 个 EOC 组织样本和 16 个正常卵巢组织样本),DEG 的功能分析结果显示上调的 DEG 在磷酸根离子结合中显着富集,下调的 DEGs 显着富集在糖胺聚糖结合的通路。在 PPI 网络中,CDK1 被筛选为相关性最高的蛋白质。在共表达网络中,我们确定了一个与 EOC 相关的模块。对于核心模块中的基因进行生存分析,数据库和临床样本验证,我们发现 ITLN1 与 EOC 预后呈正相关,在 EOC 组织中的水平显著低于正常组织,这与 GEPIA 预测的结果一致。
结论:在本研究中,我们展示了 EOC 中涉及的关键基因和通路,并推测 ITLN1 是一种肿瘤抑制因子,可作为治疗 EOC 的潜在生物标志物。
Keywords: bioinformatics analysis, epithelial ovarian cancer,
PPI, WGCNA, ITLN1