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利用生物信息学方法分析结直肠癌基因表达谱以研究其潜在的发病机制

 

Authors Kou YB, Zhang SY, Chen XP, Hu SY

Published Date April 2015 Volume 2015:8 Pages 745—752

DOI http://dx.doi.org/10.2147/OTT.S78974

Received 9 December 2014, Accepted 14 February 2015, Published 8 April 2015

摘要：该研究旨在利用生物信息学方法探索结直肠癌潜在的分子机制。我们从 Gene Expression Omnibus  数据库下载了名称为 GSE4107  的芯片表达数据，通过 t  检验比较 12 个结直肠癌病人样本和 10 个健康样本的 mRNA 表达数据筛选出差异表达基因。之后我们对差异表达基因进行了 GO 功能富集分析和通路富集分析，并建立了蛋白质互作（PPI）网络。此外，我们还进行了中心基因筛选以及模块的 GO 功能分析和通路分析。上调基因主要富集在细胞生长的调控，细胞移动相关和 MAPK  信号通路。下调基因显著富集在氧化磷酸化，阿尔兹海默症和帕金森症等通路。而且，FOS 、FN1 、PPP1CC   和 CYP2B6  都是 PPI  网络中的中心蛋白。当 MCODE Score≥3 且节点数 ≥6 时，共筛选出两个上调的 PPI  网络模块（up-A 和 up-B）和 3 个下调的 PPI  网络模块（d-A，d-B 和 d-C）。模块 up-A  的基因主要富集在刺激神经组织的配体受体相互作用通路和钙离子信号通路，模块 d-A  的基因主要富集在 4 条通路，包括氧化磷酸化和帕金森症通路。差异表达基因 FOS 、FN1 、PPP1CC   和 CYP2B6  可能被用作结直肠癌诊断和治疗的潜在靶标。
关键词：分子机制，网络模块，富集分析






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