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应用生物信息学分析鉴定三阴乳腺癌中潜在的核心基因

 

Authors Li MX, Jin LT, Wang TJ, Feng YJ, Pan CP, Zhao DM, Shao J

Received 25 February 2018

Accepted for publication 1 June 2018

Published 18 July 2018 Volume 2018:11 Pages 4105—4112

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S166567

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Editor who approved publication: Prof. Dr. Geoffrey Pietersz

摘要:三阴性乳腺癌(TNBC)是乳腺癌的一种亚型,临床预后欠佳,治疗选择有限。由于缺乏分子靶点,化疗是三阴性乳腺癌患者主要的辅助治疗手段。为探索潜在的 TNBC 治疗靶点,本研究分析来自 Gene Expression OmnibusGEO)数据库的三个微阵列数据集(GSE38959GSE45827 和 GSE65194)。用 GEO2R 工具筛选出三阴乳腺癌组织与正常组织之间的差异表达基因(DEGs)。DAVID 数据库进行 GO 功能分析和 KEGG 途径富集分析以鉴定 DEGs 的途径和功能注释。根据 STRING 分析这些 DEGs 的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI),并用 Cytoscape 软件进行可视化。此外,我们使用在线生存分析工具 Kaplan-Meier 绘图仪评估乳腺癌患者中基因表达的预后价值。本研究共删选出 278 个上调的 DEG 和 173 个下调的 DEG,其中有 10 个连接度较高的枢纽基因。这些中枢基因的过度表达与乳腺癌的不良预后有关,特别是 CCNB1  过度表达,与 TNBC 预后不良相关。综上所述,本研究表明 CCNB1  在 TNBC 中比在正常乳腺组织中过表达,并且 CCNB1  的过表达是 TNBC 患者的不利预后因素。需要进一步研究 CCNB1  在 TNBC 治疗中的价值。它可能是 TNBC 潜在的治疗目标。
关键词:TNBC,关键基因,表达谱分析数据




Figure 1 Venn diagram of DEGs common to all three GEO datasets.