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RNA 的完整性和血液样本储存条件对基因表达分析的影响

 

Authors Shen YT, Li R, Tian F, Chen ZZ, Lu N, Bai YF, Ge QY, Lu ZH

Received 4 December 2017

Accepted for publication 16 April 2018

Published 20 June 2018 Volume 2018:11 Pages 3573—3581

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S158868

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Peer reviewers approved by Dr Cristina Weinberg

Peer reviewer comments 3

Editor who approved publication: Dr Jianmin Xu

研究背景:RNA 测序(RNA-seq)的可靠性受到 RNA 质量的影响,而 RNA 的质量又依赖于样本的质量。因此,本研究的目的是重新考虑 RNA 完整性数(RIN)的阈值,并为 RNA-seq 提出一个简单而有效的血液样本存储方案。
研究对象与研究方法:从储存在不同的条件下的血液样本中提取 RNA,并将其用于测序。通过生物信息分析,评价 RNA 完整性和血液样本存储条件对基因表达分析的影响。
研究结果:我们的结果表明,RIN 值大于 5.3 的样品对 RNA-seq 的定量结果几乎没有影响,而固有的细胞生理过程对 RNA-seq 输出的影响可以忽略不计。
研究结论:在 4℃ 储存 天内的血液样本提取的 RIN 值大于 5.3 的 RNA 可安全用于 RNA-seq
Keywords: RNA, NGS, blood, integrity, RIN, sequencing




Figure 2 Number of clean reads, GC percentage and...