已发表论文

对于膀胱癌中的关键小 RNA 及调控通路和临床相关性的综合分析

 

Authors Li D, Hao X, Song Y

Received 24 February 2018

Accepted for publication 9 April 2018

Published 24 May 2018 Volume 2018:11 Pages 3075—3085

DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S166506

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Editor who approved publication: Dr Samir Farghaly

目的:本文的目的是鉴定膀胱癌中的关键小 RNA 及它们的调控网络。
材料和方法:从基因表达谱数据库下载了 个小 RNA 和另 个基因表达芯片数据集。通过使用 GEO2R 获取差异表达小 RNA 和差异表达基因。使用注释,可视化,综合探索数据库进行了基因本体过程和京都基因与基因组百科全书通路分析。使用搜索发现基因蛋白关联数据库构建蛋白质互作和小 RNA 与信使 RNA 调控网络。另外,结果的临床相关性在肿瘤基因组图谱数据库中做验证。
结果:共发现 18 个显著差异表达小 RNA121 个显著高表达差异表达基因和 199 个显著低表达差异表达基因。功能分析显示显著差异表达基因在膀胱癌中与细胞周期,MAPK 通路有关。关键显著差异表达基因如 CDK1 , CCNB1 , VGL  和 PRKCA  在蛋白互作网络中被定义为枢纽基因。肿瘤基因组图谱数据库分析支持主要结果,小 RNA 与膀胱癌患者的病理分期和预后相关。
结论:在本研究中,我们发现 18 个小 RNA 在膀胱癌调节网络中可能起重要作用。小 RNA miR-99a, miR-100, miR-125b, miR-145, miR-214, miR-487b 的高表达和小 RNA miR-138miR-200a 的低表达在膀胱癌预后中能提示的不良的生存。需要进一步的实验研究来检验我们的结果。
Keywords: microRNA, bladder cancer, bioinformatics, regulatory network




Figure 1 Venn diagram of DEM/DEG selection in different datasets.