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通过综合生物信息学分析发现在宫颈癌中 ANLN  可能发挥着重要的作用

 

Authors Xia L, Su X, Shen J, Meng Q, Yan J, Zhang C, Chen Y, Wang H, Xu M

Received 17 January 2018

Accepted for publication 16 February 2018

Published 5 April 2018 Volume 2018:10 Pages 663—670

DOI https://doi.org/10.2147/CMAR.S162813

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Editor who approved publication: Professor Nakshatri

背景:宫颈癌,是女性的头号杀手,在妇科肿瘤中其发病率排在第一位并且呈现年轻化趋势。但是,目前关于宫颈癌的发病机理并不明确。鉴于宫颈癌发病率及病死率之高,因此探讨宫颈癌的发病原因及机制,寻找新的标志物十分迫切。
方法:首先,我们从 GEO 数据库获取原始数据。通过 RMA 算法进行数据预处理以及通过 sva 包的 combat 功能来消减批次效应。在通过 limma 包获取差异基因后,随即进行了 GO 分析和 KEGG 通路分析,并且根据 STRING 网络和 Cytoscape 软件构建了蛋白相互作用网络。并且通过加权共表达网络分信息进一步构建了共表达网络。之后,我们通过 UALCAL 网站进行了预后相关分析。最终,通过了 oncomine 数据库进一步的验证了 ANLN 在其他宫颈癌数据集中的表达水平。
结果:我们首先获取了包含 49 例宫颈癌和 20 例正常宫颈组织的 GSE29570 和 GSE89657 两个数据集,共发现了 324 个差异基因,其中包括 123 个上调及 201 个下调的差异基因。蛋白相互作用网络共包含 305 个节点以及 4,962 条相互作用连线,通过 MCODE 进一步分析共发现了有 个子网络,并且得分最高的子网络包含有 65 个节点和 1,780 条相互作用连线。在共表达网络中,我们进一步选择了 Brown 模块中的 86 个热点基因进行后续的分析。我们发现了一共有 61 个基因既为差异基因,同时也是热点基因。在后续的进一步预后相关分析时,我们发现 ANLN 作为预后相关分子,低表达 ANLN 的宫颈癌病人预后较高表达 ANLN 的病人较好。
结论:我们的研究发现了 ANLN 在宫颈癌中可能发挥癌基因的作用,并且可以作为预后宫颈癌病人的预后参考因素。
Keywords: bioinformatics analysis, cervical cancer, WGCNA, ANLN