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Authors Xia L, Su X, Shen J, Meng Q, Yan J, Zhang C, Chen Y, Wang H, Xu M
Received 17 January 2018
Accepted for publication 16 February 2018
Published 5 April 2018 Volume 2018:10 Pages 663—670
DOI https://doi.org/10.2147/CMAR.S162813
Checked for plagiarism Yes
Review by Single-blind
Peer reviewers approved by Dr Andrew Yee
Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Professor Nakshatri
背景:宫颈癌,是女性的头号杀手,在妇科肿瘤中其发病率排在第一位并且呈现年轻化趋势。但是,目前关于宫颈癌的发病机理并不明确。鉴于宫颈癌发病率及病死率之高,因此探讨宫颈癌的发病原因及机制,寻找新的标志物十分迫切。
方法:首先,我们从 GEO 数据库获取原始数据。通过 RMA 算法进行数据预处理以及通过 sva 包的 combat 功能来消减批次效应。在通过 limma 包获取差异基因后,随即进行了 GO 分析和 KEGG 通路分析,并且根据 STRING 网络和 Cytoscape 软件构建了蛋白相互作用网络。并且通过加权共表达网络分信息进一步构建了共表达网络。之后,我们通过 UALCAL 网站进行了预后相关分析。最终,通过了 oncomine 数据库进一步的验证了 ANLN 在其他宫颈癌数据集中的表达水平。
结果:我们首先获取了包含 49 例宫颈癌和 20 例正常宫颈组织的 GSE29570 和 GSE89657 两个数据集,共发现了 324 个差异基因,其中包括 123 个上调及 201 个下调的差异基因。蛋白相互作用网络共包含 305 个节点以及 4,962 条相互作用连线,通过 MCODE 进一步分析共发现了有 8 个子网络,并且得分最高的子网络包含有 65 个节点和 1,780 条相互作用连线。在共表达网络中,我们进一步选择了 Brown 模块中的 86 个热点基因进行后续的分析。我们发现了一共有 61 个基因既为差异基因,同时也是热点基因。在后续的进一步预后相关分析时,我们发现 ANLN 作为预后相关分子,低表达 ANLN 的宫颈癌病人预后较高表达 ANLN 的病人较好。
结论:我们的研究发现了 ANLN 在宫颈癌中可能发挥癌基因的作用,并且可以作为预后宫颈癌病人的预后参考因素。
Keywords: bioinformatics
analysis, cervical cancer, WGCNA, ANLN