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Authors Peng Q, Lin K, Chang T, Zou L, Xing P, Shen Y, Zhu Y
Received 16 October 2017
Accepted for publication 4 January 2018
Published 31 January 2018 Volume 2018:11 Pages 609—618
DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S154207
Checked for plagiarism Yes
Review by Single-blind
Peer reviewers approved by Dr Amy Norman
Peer reviewer comments 3
Editor who approved publication: Dr Yao Dai
目的:越来越多的研究结果表明,右半结肠癌和左半结肠癌是不同的临床和生物学实体,并提示它们应被视为不同的疾病。然而,右半结肠癌和左半结肠癌具有不同的临床和生物学特征的原因尚不清楚。
材料与方法:为了鉴定右半结肠癌和左半结肠癌之间的基因组表达差异并揭示这些差异的机制,我们选择来自 GEO 数据库的 GSE14333 的基因表达谱作为研究对象。然后系统整合生物信息学分析、从基因本体论(GO)分析、通路富集分析、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建和模块分析等方面研究基因表达数据得到的差异表达基因的可能机制。
结果:总体上,我们从所选的数据集中提取了来自结肠癌样本的 3,793 个差异表达的基因,包括 1,961 在右半结肠癌上调的和 1,832 在左半结肠上调的基因。 GO 和通路富集分析结果表明,右半结肠癌和左半结肠癌易受不同基因调控途径的影响。基于蛋白质-蛋白质相互作用,PCNA ,TP53 ,HSP90AA1 ,CSNK2A1 ,UBB ,LRRK2 ,ABL1 ,PRKACA ,CAV1 和 JUN 被确定为关键的中枢基因。此外,我们还从 PPI 网络上筛选了重要的模块。
结论:综上所述,本研究表明,所识别的基因和通路可能促进了对右半结肠癌和左半结肠癌差异的潜在分子机制的新认识,并可能作为右半结肠癌和左半结肠癌个体化治疗的特异性治疗靶点和预后指标。
关键词:结肠癌,定位,差异表达基因,生物信息学分析