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Received 3 November 2017
Accepted for publication 5 December 2017
Published 28 December 2017 Volume 2018:11 Pages 163—173
DOI https://doi.org/10.2147/OTT.S156003
Checked for plagiarism Yes
Review by Single-blind
Peer reviewers approved by Dr Narasimha Reddy Parine
Peer reviewer comments 3
Editor who approved publication: Dr Yao Dai
背景:肿瘤蛋白 p53(TP53 )突变不仅是急性髓细胞性白血病(AML)的危险因素,而且也是 AML 个体化治疗选择的潜在生物标志物。本研究旨在探讨成人原发 AML 中与 TP53 突变有关的潜在通路和基因。
方法:成人原发 AML 的 RNA 测序数据集从癌症基因组图谱数据库下载。差异表达基因由 R 平台的 edgeR 包鉴定。使用以下生物信息学工具确定关键通路和基因:基因集富集分析(GSEA),基因本体论(GO),基因和基因组京都百科全书(KEGG),用于检索基因/蛋白质相互作用的检索工具(STRING)和分子模块的检测。
结果: GSEA 提示 TP53 突变与细胞分化,增殖,细胞粘附生物学过程和促分裂原活化蛋白激酶途径显着相关。总共有 1,287 个基因被鉴定为差异表达基因。GO 和 KEGG 分析表明上调差异表达基因在与细胞粘附生物学过程,Rap1,PI3K-Akt 途径和细胞粘附分子相关的类别中显着富集。将在蛋白质-蛋白质相互作用网络中节点数排列在前十位的基因鉴定为核心基因:CDH1 ,BMP2 ,KDR ,LEP ,CASR ,ITGA2B ,APOE ,MNX1 ,NMU 和 TRH 。生存分析提示 TP53 突变患者死亡风险显着增高,而 TP53 突变患者的 TP53 mRNA 表达水平与 TP53 野生型相似。
结论:我们的研究结果表明,多个基因和通路可能在 TP53 突变 AML 中发挥关键作用,可为 TP53 突变 AML 患者的个体化治疗提供候选靶点和策略。
关键词:生物信息学分析,急性粒细胞白血病,TCGA,RNA测序,TP53 突变