背景：基因组谱可用于鉴定基因组子集对膀胱尿路上皮癌根治性切除术后的预后预测效应。本研究旨在发掘与膀胱尿路上皮癌预后相关的潜在基因和通路。
材料与方法：从 TCGA 数据库获得膀胱尿路上皮癌的转录组测序数据。差异表达基因通过 R 平台的 DESeq 包进行鉴定。Kaplan-Meier 方法用于分析预后标志物。关键的通路和基因使用如下生物信息学工具进行分析：GSEA，GO，KEGG，GeneMANIA，STRING，MCODE。
结果：癌与癌旁的 GSEA 分析结果表明膀胱尿路上皮癌的发生主要富集在与细胞周期、DNA 损伤和修复相关的生物过程和通路，包括 TP53 通路和有丝分裂重组生物学过程。256 个基因被确定为潜在的预后相关差异性基因。GO 和 KEGG 分析表明潜在的预后相关差异性基因主要富集在血管生成，包括环腺苷一磷酸生物合成过程，环鸟苷单磷酸蛋白激酶 G，丝裂原活化蛋白激酶，Rap1 和 PI3K-AKT 信号通路。从蛋白质-蛋白质互作网络和 GeneMANIA 互作网络的交集中鉴定出 9 个核心基因：TAGLN ，ACTA2 ，MYH11 ，CALD1 ，MYLK ，GEM ，PRELP ，TPM2  和 OGN 。蛋白质-蛋白质互作网络和 GeneMANIA 互作网络的模块分析结果主要富集在循环鸟苷单磷酸-蛋白激酶 G 信号通路，血管生成，细胞增殖和分化相关通路和生物学过程中，这些生物学过程和通路均与肿瘤血管生成和癌症预后相关。
结论：细胞周期、DNA 损伤和修复相关的基因和通路可能在膀胱尿路上皮癌的发病中起关键作用，而与肿瘤血管生成相关的基因和通路可能是影响膀胱尿路上皮癌预后的关键因素，尤其是在晚期肿瘤患者中。
关键词：生物信息学分析工具，膀胱尿路上皮癌，微阵列芯片，差异性基因，预后