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基于免疫浸润分析的慢性阻塞性肺病关键免疫相关基因的鉴定

 

Authors Meng H, Long Q, Wang R, Zhou X, Su H, Wang T, Li Y

Received 8 August 2021

Accepted for publication 20 December 2021

Published 4 January 2022 Volume 2022:17 Pages 13—24

DOI https://doi.org/10.2147/COPD.S333251

Checked for plagiarism Yes

Review by Single anonymous peer review

Peer reviewer comments 2

Editor who approved publication: Dr Richard Russell


目的:慢性阻塞性肺病(COPD)是全世界死亡和发病的一个主要原因。我们需要更好地了解慢性阻塞性肺病患者的新生物标志物及其在慢性阻塞性肺病进展过程中的复杂机制。
方法:进行了一种算法,揭示了 COPD 样本中 22 个免疫细胞亚群的比例。根据 GSE57148 数据集的差异表达基因(DEGs)获得差异表达的免疫相关基因(DE-IRGs),并从 ImmPort 数据库下载了 1509 个免疫相关基因(IRGs)。通过基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)路径分析和 Ingenuity Pathway 分析(IPA)对 DE-IRGs 进行功能富集分析。我们将与免疫细胞有关联的 DE-IRG 定义为枢纽基因。通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络探讨了中心基因之间的潜在相互作用。
结果:CIBERSORT 结果显示,COPD 患者的肺组织比正常样本含有更多的静止 NK 细胞、活化树突状细胞和中性粒细胞。然而,滤泡辅助 细胞和静止树突状细胞的比例相对较低。获得了 38 个 DE-IRG 用于进一步分析。功能富集分析显示,这些 DE-IRG 在几个免疫相关的生物过程和途径中明显富集。值得注意的是,我们还观察到 DE-IRG 与冠状病毒疾病 COVID-19 在 COPD 进展中的关系。经过相关分析,六个与免疫细胞相关的 DE-IRG 被认为是枢纽基因,包括 AHNAKSLIT2 TNFRRSF10CCXCR1CXCR2 和 FCGR3B
结论:在本研究中,我们研究了免疫相关基因作为新的诊断生物标志物,并基于 CIBERSORT 分析探讨了 COPD 的潜在机制,为 COPD 治疗提供了新的认识。
关键词:慢性阻塞性肺病;COPD;免疫相关基因;IRGsCIBERSORT;诊断